街を歩いていたキミは、 街路樹の陰に何かが落ちているのを発見する。 『ジジ・・・ジジジ・・・』 拾い上げてみると、 それは【だれかのレポート】と 【なぞのファイル】。 起動してみると、 突然メッセージが流れ出した！ 「私は伝説のポケモンに出会うために 人生の全てを捧げてきた、しがない冒険家だ。 私が一生をかけて紡いだ記録を、 このレポートに残す。 ポケモンを愛する正しい心をもつ者だけが 解読できるよう、 すべてのデータは厳重に暗号化しておいた。 この記録がポケモンを愛する者の手に渡って 解読され、ポケモン研究の さらなる発展に繋がることを願う。」 メッセージが流れ終わると、 画面に周辺マップが現れた。 どうやらこの近くに、 この暗号化されたレポートを 解読するための手がかりが 残されているらしい。 キミは冒険家のレポートと なぞのファイルを手に、 その場所へ向かうことにした。 日本橋・八重洲を舞台に、 伝説のポケモンたちをめぐる冒険が、 いま始まる！