一夜にして滅んだとされるいわくつきの村 「哭倉村」なぐらむら。 その村には怨念が取り憑ついており、 立ち入った者が戻ることはないとうわさされている。 都市伝説を研究しているあなたは、 そのうわさを耳にして哭倉村を訪れた。 そこで、突如あなたは謎の術者に襲われる。 死を覚悟したそのとき、 幽霊族最後の生き残りであるゲゲゲの鬼太郎に救われる。 しかし、鬼太郎はあなたの身代わりとなり、相手の術にかかってしまった。 術者の目的は、術に掛かった者の魂を奪い、目玉おやじ因縁の相手「龍賀一族当主 龍賀時貞」を復活させること。 時貞復活のために魂を奪われようとしている鬼太郎を救う唯一の方法は、もはや失われてしまった、かつて哭倉村に隠されていた書物に記されていたという。 あなたは目玉おやじとともに過去へと時を越え、水木や、かつての目玉おやじ、龍賀沙代、長田時弥らとの数々の出会いと共に、哭倉村の謎に迫る。 この村に渦巻く怨念と陰謀の存在を知らずに……。 果たしてあなたは、 過去の事件に隠された圧倒的絶望の中で、鬼太郎を救う希望の灯火を見つけ出すことができるのだろうか。