ゼロが組織した反ブリタニア組織、黒の騎士団とブリタニア帝国との初の全面衝突。 後に「ブラック・リベリオン」と呼ばれるようになるその反乱は、ゼロが捕らえられたことにより、黒の騎士団の敗北で幕を閉じる。 2度目の敗北を喫した日本は、「矯正教育エリア」に格下げされ、新総督カラレスによって苛烈な弾圧を受けるようになった。 ブラック・リベリオンから1年。ゼロを失い、瓦解した黒の騎士団。しかし、反逆の火は消えていない。 黒の騎士団の諜報員（ちょうほういん）であるあなたは、日本人が虐げられる現状を変えるため、ブリタニアに捕われているゼロの奪還作戦に参加する。 バベルタワーへの潜入計画。数々のセキュリティ突破。そして、迫りくるブリタニア軍の包囲…。 C.C.やカレンたちと共にこの難局を乗り越え、ゼロを奪還することはできるのか。 あなたのヒラメキとナゾトキ力で、世界に再び反逆の狼煙（のろし）を上げろ！ これはゼロ奪還の裏に隠された、あなたの物語。