これはスチームパンクファンタジーの世界で起こった物語だ。中世のヨーロッパを舞台にしている。科学は非常に発展しており、特に錬金術師の存在は重要だ。彼らは魔法使いのような科学者であり、国家レベルの優れた錬金術師になることは、その時代で最も名誉あることだった。 彼らは錬金術の原理に基づいて、想像を絶するような発明を創り出すことができた。それは工学、医学、食品、そして軍事など、あらゆる分野で利用され、社会全体の進歩を推進した。さらに、錬金術の深淵を覗くため、一部の錬金術師たちは自然の法則に逆らうものさえ作り出すことができた。 この物語は、国の教皇庁という時代背景の中で展開される。そこには国内で最高の錬金術師が集まっていた。伝説によれば、教皇庁にはすべての真理を知る存在がいると言われている。彼は人類に無限の知識を教えることができる存在であり、人々は彼を「フラスコの中の小人」と呼んでいた。そして、プレイヤーはホーンハイムという名前の錬金術師を演じる。彼は証人として、教皇庁の陰謀の中で禁じられた錬金術の真実を知ることになるのだ。